El CIBION es parte de un proyecto que comenzó a principios de 2008 con el objetivo inicial de crear un centro interdisciplinario en el Polo Científico y Tecnológico de ex-Bodegas Giol. A partir del impulso inicial del Instituto de Biomedicina de Buenos Aires (IBioBA - Instituto Partner de la Sociedad Max-Planck), el Ministro de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva, Dr. Lino Barañao, diseño una estrategia por la cual varias ramas de la ciencia deberían contribuir a estudiar y solucionar problemas comunes en el área de las biociencias. A tal fin se nuclearon alrededor de la semilla del IBioBA centros que aportaran desde la química, física, ingeniería, ciencias de la computación y ciencias sociales al estudio, difusión e incorporación por parte de la población, de los beneficios de la ciencias para mejorar la calidad de vida. En este marco se creó el proyecto de un instituto de bionanociencias con físicos, químicos e ingenieros en la que comenzaron a trabajar el Dr. Pedro Aramendía (Director de CIBION) junto con el Ministro Dr. Lino Barañao y el Dr. Eduardo Arzt (Director de IBioBA).
CIBION fue creado por CONICET por resolución 2827 del Directorio el 7 de septiembre de 2012, nombrando al Dr. Pedro F. Aramendía como su Director a cargo. El financiamiento para la puesta en marcha provino de un subsidio especial solicitado por CONICET a MINCyT para la compra de equipamiento y los primeros insumos para el inicio de tareas. Esta etapa comenzó en mayo de 2013. Se prevé que para mayo de 2014 trabajen en CIBION unas 20 personas, entre investigadores, becarios, personal de carrera de apoyo y personal administrativo.
